政变爆发40分钟后，天皇侍从武官本庄繁大将就从副官中岛铁藏少将那里得知出事的消息，他让中岛立即给天皇的贴身侍从甘露寺守长打电话。甘露寺连忙叫醒尚在睡梦中的裕仁天皇，简要汇报了局势突变的情况。裕仁一边嘟哝说“终于还是干起来了”，一边穿上缀有四颗星的陆军大元帅军服，起身前往皇宫政务室。

早6时，本庄繁、宫内大臣木户、内相汤浅、侍从次长广幡全都赶到皇宫，向天皇汇报情况。本庄已经吓得嘴唇上一丝血色都没有，他告诉裕仁，首相、藏相、内大臣和侍从长等重臣都已遭到袭击，生死不明。36岁的天皇皱着眉头，气愤地说：“这是从未有过的不祥之举。要立即平息，使军队恢复正常。”然而，本庄并没有按照裕仁的指示迅速镇压叛乱。这不仅是因为他在思想上同情叛乱军人，而且还因为他的女婿山口太一郎大尉也卷进了叛乱活动。

上午9时，被香田大尉扣押在陆相官邸的川岛陆相在和政变军人谈得唇焦舌敝之后，终于获准赶到皇宫觐见天皇。他带来了叛军的宣言书，并转达了叛军的七条要求：必须恢复天皇的绝对权力；逮捕反皇道派的南次郎、小矶国昭、建川美次和宇垣一成等“元凶逆臣”；为威慑俄国，立即罢免林铣十郎，任命荒木贞夫为关东军司令等等。奏完之后，川岛趁势建议说，请陛下姑念起事者系奉陛下之名、秉承统帅之意去行动，完全是一片为国尽忠的赤诚，请陛下予以谅解。

川岛的话还没说完，裕仁便以盛怒的口气说：“先不论他们的精神何在，他们之所为首先就有伤国体的精华。杀害朕的股肱老臣，如此残暴的军官，无论其‘精神’如何，也不应予以任何宽恕。我绝不允许凶暴的将校胡作非为。要尽快将这一事件镇压下去！尽快！”见天皇震怒，川岛只好咋舌而退。裕仁犹余怒未消地自语道：“陆军简直是在掐朕的脖子！”

天皇下达的镇压命令没有立即执行，因为由陆军高级将领组成的军事参议官会议是由荒木和真崎所操纵的。川岛陆相根据参议官会议的决定，先是发了《陆军大臣告示》，要求政变部队自行返营，并伪称“关于崛起之意图，已上奏陛下，承认诸君的行动是出于谋求显示国体之诚意”。但是叛乱者坚决要求，在产生新内阁之前不能撤兵。

对于皇道派的叛乱，统制派的幕僚军官们当然恨不得立即镇压而后快，但是由于无法直接调动部队，他们只得求助于天皇的最高权威。26日下午，枢密院决定由陆军宣布戒严，进行镇压。陆军虽不愿意，但还是在27日凌晨颁布了戒严令。东京警备司令官香椎浩平被委任为戒严司令官。此外，在外地的第二师团长梅津美治郎和第六师团的谷寿夫、关东军副参谋长东条英机明确表示了坚决镇压的态度。

与陆军上层心怀鬼胎的观望态度相反，由于铃木贯太郎，冈田启介和斋藤实三名海军大将遭到袭击。海军在第一时间内就定下了对政变坚决镇压的方针。海军军令部总长伏见宫博恭王当天就召集幕僚，明确说明了镇压的态度。26日中午12时，联合舰队司令高桥三吉向正在土佐冲演习的舰队发布命令，要第一舰队进入东京湾，第二舰队进入大阪湾。当时任海军军务局局长的丰田副武咆哮“陆军没这个意思的话，就由我们来动手！”。海军省办公楼前摆了一地的高压水龙，以防万一。海军陆战队奉命加强对海军各岸上设施，包括海军领导机关办公楼和退役高级将领私宅的警戒，另外还打算把天皇接到舰上，以免受陆军叛兵的挟持。26日下午，横须贺镇守府司令米内光政的第一水雷战队把陆战队经芝浦送上岸，堆起了沙包工事，摆出准备战斗的态势。

27日一整天，裕仁天皇都是在焦急不安中度过的。此时第一舰队已经在旗舰“长门”号战列舰的带领下浩浩荡荡地开进东京湾，各舰都将炮口对准了陆上的叛军阵地。“长门”号瞄准的是被叛军占领的国会议事堂，负责测定标的的第九分队分队长长光大尉用测距仪很细心地测出，从“长门”舰到国会议事堂的距离是19公里。加藤隆义统率的第二舰队也在旗舰“爱宕”号重巡洋舰的带领下于27日上午9时许抵达大阪湾，开始实施警戒。

天皇愤怒

虽然海军已经把舰队开进了东京湾，但陆军还是迟迟按兵不动。愤怒的天皇几次将本庄召开催问：“讨伐部队出发了吗？”“交上火了吗？”本庄含含糊糊地答道：“因为居民尚未撤离……”未等他把话说完，天皇便厉声喝道：“如果陆军大臣无能为力，朕就亲率近卫师团去平定叛乱！快快备马！”

裕仁天皇的焦急不是没有道理的，因为他刚刚获悉，在弘前第八师团任大队长的秩父宫雍仁亲王已动身搭乘火车前往东京。秩父宫向来与皇道派军官来往密切，在思想上倾向与皇道派的主张，并因此与天皇对立，这已经是公开的秘密。叛乱发生后，叛军已公开宣称“秩父宫是我们的首领”。如果他站到叛军一边，形势将更加难以控制。日本历史上发生过许多有天皇之弟干下的篡位之事，多得不胜枚举，例如神武天皇的后继者绥靖天皇就是弑兄自立的。为了防止出现这种可怕的情况，宫内省派东京大学著名的右翼历史教授、曾给秩父宫讲过两年《日本政治史》的平泉澄前去拦截雍仁。他在上越线的水上车站登上雍仁乘坐的火车，一路上向其详细说明了情况，并恳求秩父宫不可轻举妄动。秩父宫神色凝重地听着，一言不发。火车一达到东京上野车站，秩父宫就在大批军警“护送”下被带入了皇宫，与叛军隔离开来。见情势如此，秩父宫只好在当天晚上拜谒了哥哥，并做出了服从天皇的保证。

28日，在天皇的一再催促下，犹豫不决的军部终于下了镇压的决心。陆军次长杉山元得到天皇同意，发布了《奉敕命令》指示戒严司令官迅速使占据三宅坂的军官及部下撤离现场，归复各所属部队。奉敕命令随后正式传达给第1师团。戒严司令部决定29日完成镇压的准备工作，并开始讨伐叛军。

参加镇压政变的部队有近卫师团和第一师团各7000人，另外从仙台和宇都宫调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近24000人。29日上午，荒木、真崎两位陆军大将为避免叛乱部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝，戒严部队参谋石原莞尔将两名大将赶出了司令部。在他们离开后，香椎司令官再次提出避免“皇军自相攻击”，但杉山元坚决不同意，要按天皇敕令以武力讨伐。东京街头的坦克车装上高音喇叭，不停地广播NHK著名播音员中村宣读的《告军官士兵书》。这份由戒严司令部发布的声明称：“现在归复原队，仍为时不晚；抵抗者全部是逆贼，射杀勿论；你们的父母兄弟在为你们成为国贼而哭泣。”与此同时，飞机在政变部队上空盘旋撒下《告军官士兵书》的传单，劝诱政变部队回归营房。

叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。这些军官随后被戒严部队拘捕，集中到陆军省大院。关押他们的统制派的军官冈村宁次预想并期待他们自尽，已让第一卫戍医院的护士兵准备好消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材，但叛乱军官拒绝自尽，想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。

陆军首脑部吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。由于二二六事件直接威胁到了天皇的统治权，因此对叛乱军官的处置也异乎寻常的严厉。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。有意思的是，宣判里一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及砍杀永田的相泽三郎也被处死。其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显的带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。在军部上层，在寺内寿一主持下，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，所有倾向于皇道派思想的军官均被从陆军核心部门清除出去。至此，统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制。

讽刺的是，皇道派发动政变时所积极追求的目标，例如军部独裁、国家政权 法西斯化，在政变失败后反而得以实现。这不仅是因为同属法西斯派别的统制派牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。

对于日本陆军在二二六事件中的角色，以及在随后日本法西斯化中的作用，抱有左派观点的井上成美海军大将在日本投降前曾经有过一番很有意思的讲话：“陆军动辄把自己大肆吹嘘成什么‘皇国的中流砥柱’，事实上，正是陆军……最终把日本拖入了灾难。所谓的‘中流砥柱’，就是中国的黄河上有几块挺立在河中、顽固阻挡潮流前进的顽石。从这个意思去理解的话，陆军也不愧是真正的‘中流砥柱’啊！”